بنى المسجد على يد أحمد بن طولون عام 263ه/867م وتم بنائه فى مدينة القطائع فوق جبل يشكر ،تم الانتهاء من بناء المسجد عام 265ه/789م.
يوجد المسجد بالطرف الجنوبى من مدينة القطائع .
أهم الاسباب التى جعلت أحمد بن طولون يختار موقع هذا المسجد عندما أراد ان يبنى مسجد أشار إليه ببناء المسجد فوق جبل يشكر على اعتقاد ان الدعاء فى هذا المكان مستجاب ،السبب الاخر وأراد ان يبنى مسجد فوق ربوة مرتفعة تحميه من فيضان النيل من جهة ومن جهه أخرى لكى يشرف على ميدانه وقصره الطولونى ويفصل بين مدينة العسكر ومدينة القطائع وأنه سوف يضع اساسه فوق أساس متين .
المهندس الذى قام بإنشاء المسجد يقال أنه رجل قبطى "يعتنق الديانة المسيحية"وهذا دليل على التسامح الدينى .
يعد مسجد أحمد بن طولون من أعظم المساجد الموجودة فى مصر حيث انه يحتفظ بشكله المعمارى الاصيل و أحتفظ أيضا بالعناصر الفنية الزخارف الموجوده على الجدران والعقود والعناصر المعمارية فلايزال محتفظا بتخطيطه وشكله القديم مع بعض التجديدات البسيطه التى تعرض لها فى العصر الفاطمي والعصر المملوكى .
ويعتبر ثالث المساجد فى المساحة بعد مسجد عمرو بن العاص الذى انشاء عام 21ه/642م ومسجد العسكر 169ه/785م .
بنى المسجد على مساحة تصل حوالى ستة أفدنه ونصف وهو يعتبر أكبر المساجد فى مصر الاسلاميه .
يشغل المسجد مساحة مستطيلة 138×118 متر أرتفاع جدرانه الى اعلى الشرفات 13متر
يتميز مسجد أحمد بن طولون بأنه المسجد الوحيد الموجود بمصر بأحتوائه على ثلاث زيادات تحيط بحه من الخارج من ثلاث جهات فقط ماعدا جهة جدار القبلة ويوجد ثلاث أراء على سبب وجود هذه الزيادات .
1-السبب الاول وهو وجود الاسواق التى تحيط بالمسجد لذلك تم بناء هذه الزيادة لتفصل بين السوق والمسجد وتقوم بتخفيف الصوت الواصل للمسجد .
2-وهو وضع الخيول والدواب التى كان يركبها المصلون بها أثناء تأدية الصلاة .
3-السبب الثالث وهو عندما يمتلأ المسجد بالمصلين يخرجون اللى الزيادات وأقامة الصلاة بها .
بنى المسجد من مواد بناء مقاومه للنار لحين تعرض المسجد للحريق يبقى كما هو الاجر .
شكل المسجد عبارة عن صحن اوسط يحيط به اربع اروقه ،رواق القبلة اكبرهم يتكون من خمسة بلاطات و الاروق الثلاثه الاخرى من بلاطتين .
يتوسط المسجد فوارة تعرضت للعديد من التجديدات والتغيرات وتم هدمها وبنائها أكثر من مره والفوارة الحالية ليست الاصلية للمسجد ،وتعتبر الفوارة الثالثة ومان أخر بناء لها .
يوجد للمسجد 42 باب من جميع الجهات ليسهل على المصلين الوصول بسهوله وعدد النوافذ الموجوده به 129 نافذة بها زخارف هندسية من الجص المفرغ منها اربعة بجدار القبلة تعد من أقدم الامثلة الباقية فى العمارة الإسلامية .
محاريب المسجد
يحتوى المسجد على ستة محاريب ،بينما يوجود خمسه منهم مسطح وواحد فقط محراب مجوف يعود للسلطان لاجين .
مأذنة مسجد أحمد بن طولون وهى أهم ما يميز هذا المسجد حيث لايوجد غيرها بمصر ولها شكل مميز يجعلها مميزه بين مأذن مصر بأجمعها حيث انها تأخذ الشكل الحلزونى وتأثر هذا الشكل بمأذنة مسجد سمراء .